Introduction :

 

La culture des oléagineux, et particulièrement du Colza, est confrontée en Europe au défit de la production des biocarburants. Un des moyens d’améliorer leur compétitivité est de résoudre les problèmes croissants posés par les adventices. L’arrivée des évènements de transgénèse résistants au glyphosate et au glufosinate n’apporte aujourd’hui pas de solution en Europe, et n’en apportera vraisemblablement pas à court terme.  Elle aura cependant stimulé une production scientifique sur des questions qui restent pertinentes vis-à-vis du management des herbicides en général. La résistance sélectionnée de plantes cultivées aux herbicides inhibiteurs de l’enzyme acétolactate synthase (ALS) offre une alternative non transgénique et l’objectif de cette synthèse est d’analyser l’impact d’une telle solution sur les systèmes de culture « Colza » et « Tournesol » à partir des données de la littérature.

 

La question posée s’inscrit dans la problématique plus large de l’interaction entre un système de culture – rotations des cultures, assolement à l’échelle de l’exploitation, du terroir, de la région, interventions culturales et phytosanitaires -, regardé comme un ensemble de décisions humaines proactives ou réactives, et un système biologique composé d’une variété de populations  – les cultivars, les adventices, les agents biologiques prédateurs ou pathogènes – dont le polymorphisme génétique est mouvant dans le temps et dans l’espace. Parmi toutes les interactions élémentaires entre ces deux systèmes, la plus documentée est celle entre l’herbicide et le gène cible, chez l’espèce cultivée et chez les adventices, au niveau de plante et au niveau de la dynamique des populations. C’est sur ces aspects de la question que portent les deux premiers chapitres de ce rapport (I,II, diagramme). Les approches intégratives, qu’il s’agisse de résultats de terrain, d’initiatives, ou de démarches modélisatrices, sont abordées au chapitre III. Les conclusions provisoires sont apportées sous deux formes : une série de questions/réponses (Synthèse 1), et une première réflexion sur un scénario de réponse (Synthèse 2).

 

 

 

 

 

 


Développement de cultivars tolérants : (tab1, 6, 7)

 


 

 

 

 

I.                  Données biologiques à l’échelle de la plante pour le système « Inhibiteur de l’ALS / AHAS » :

 

 

 

Plusieurs espèces végétales présentent des mécanismes de détoxification des herbicides inhibiteurs de l’ ALS (soja, blé/certaines Sulfonylurées, plusieurs graminées adventices 15, certaines crucifères 14 ). La mise en évidence de ces mécanismes a de fait rendu possible l’émergence de cette famille. Cependant, son développement repose aujourd’hui sur la régulation de l’interaction entre la molécule herbicide et le gène cible.

 

I.1. Herbicides inhibiteurs de l’ « ALS»: Fonction du gène cible, mode d’action des herbicides :[1]

 

I.1.a Le gène cible :

 

L’enzyme acétolactate synthase [ALS] plus souvent désigné par acétohydroxyacide synthase [AHAS, EC 2.2.1.6, EC 4.1.3.18]  joue un rôle clef dans la synthèse des acides aminés ramifiés [leucine, isoleucine, valine] et est la cible des herbicides du groupe B (HRAC), en particulier les Imidazolinones et Sulfonylurées.

 

            I.1.b. Mode d’action des herbicides inhibiteurs:

 

Une équipe australienne a analysé de façon détaillée le mode d’action de cette famille [2, 33, 44]. Elle a analysé en structure tridimensionnelle le complexe constitué entre l’enzyme AHAS chez Arabidopsis Thaliana et les Sulfonylurées d’une part, les Imidazolinones d’autre part. Il a été démontré que les modes d’action de ces deux sous-familles étaient différents mais se recouvraient partiellement.  Nous retenons à ce stade qu’il est attendu que certaines mutations de l’enzyme peuvent gêner l’intervention de l’herbicide tout en maintenant l’activité de l’enzyme vis-à-vis de ce substrat.             .

 

I.2. Variabilité génétique de l’ALS dans les espèces cultivées et chez leurs adventices :

 

La principale exploitation de la variabilité génétique des espèces cultivées réside aujourd’hui dans la valorisation de mutations intervenant dans la séquence protéique de l’enzyme (par ex., Colza /mutagénèse in vitro, Tournesol / écotype d’ Helianthus annuus sauvage). Ces mutations ont ensuite rapidement été répertoriées chez les espèces adventices.

La position des mutations est référencée par rapport à la séquence protéique de l’enzyme d’Arabidopsis thaliana , et certaines d’entre elles sont retrouvées assez systématiquement chez les génotypes présentant une tolérance soit aux Imidazolinones (par ex. Ser653) , soit aux Sulfonylurées (par ex. Pro197), soit une tolérance croisées aux deux familles d’herbicides (par ex. Trp574) [1]. On trouvera dans la page mutations ALS un recensement des mutations connues chez les espèces adventices par TRANEL et WRIGHT (2002, 3). Le tableau 0 recense l’ensemble des mutations soit observées chez les adventices, soit obtenues par sélection dirigée dans les plantes cultivées, en 2002. 

 

 

Tableau 0 : Mutations du gène AHAS conférant une résistance aux Imidazolinones ou aux Sulfonylurées chez les adventices ou par sélection intentionnelle dans les plantes cultivées :

Source : TRANEL et WRIGHT, 2002

 

 

Dans l’idéal, une mutation conférant une tolérance à l’une des familles mais pas à l’autre présenterait évidemment un intérêt pour le management des adventices sur des cultures en rotation traitées avec l’une puis l’autre des sous-familles du même groupe d’herbicides. Dans la pratique, les modèles mis en œuvre par les firmes phytosanitaires « empilent » généralement plusieurs mutations, soit parce que le niveau de tolérance obtenu avec une mutation pourrait n’être pas suffisant même lorsque cette mutation est présente à l’état homozygote (cas du Colza sur la mutation Ser653), soit parce le risque majeur pris en compte est l’effet phytotoxique de l’herbicide sur la culture.   

 

 

I.2.a : Création par des approches non transgéniques de génotypes de COLZA [Brassica napus] et de TOURNESOL [Helianthus annuus] :

 

Chez le Colza, des mutants ont été obtenus dès 1989 à partir de culture de microspores [4,12], et les mutations utilisées pour le développement de variétés tolérantes aux Imidazolinones ont été identifiées (voir table 1). La firme BASF [*] qui a développé le concept Clearfield ® sur canola considère que la mutation PM1 de la copie AHAS1 apporte 15% de la résistance aux IMI, que la mutation PM2 de la copie AHAS2 en apporte 85% , et que les deux mutations doivent être développées à l’état homozygote [7]. Le développement d’hybrides de Colza d’hiver tolérants ces herbicides et exploitant la stérilité mâle cytoplasmique est donc très lourd. 

 

[*] BASF propose en fait [brevet 9] l’association de trois familles d’herbicides : un inhibiteur de l’ALS, un inhibiteur de la division cellulaire (métazachlore,chloroacétamide, Groupe K3/ HRAC) et alternativement une auxine synthétique (quinmerac, groupe O/HRAC ou un inhibiteur de la synthèse des caroténoïdes (clomazone, groupe F3/HRAC). Le brevet revendique un effet synergique permettant de combattre efficacement, dans le canola, trois des adventices présent chez le colza en France : le Géranium à tige grêle, le Sisymbre officinal et le Gaillet.

 

 

 

Chez le Tournesol, la tolérance d’écotype sauvage d’Helianthus annuus dans un champ de soja traité aux Imidazolinones dans le Kansas a été exploitée en transférant cette caractéristique dans le tournesol cultivé [5]. Il a été montré que sur les 3 gènes AHAS identifiés, seul AHAS1, cartographié sur le groupe de liaison 9, montrait un polymorphisme en relation avec la tolérance aux herbicides [6]. Des outils de détection de ce polymorphisme ont été développés à la fois pour les trois gènes, facilitant les programmes de SAM mais aussi permettant un suivi prospectif du polymorphisme dans les populations cultivées et sauvages. L’allèle mutant Ala205Val est considéré comme semi-dominant, et les hybrides de tournesol développant le concept Clearfield ® sont censés être homozygotes pour cet allèle [8] qui ne confère une résistance acceptable qu’aux Imidazolinones et non aux Sulfonylurées. Parmi les génotypes homozygotes pour la mutation, il semble y avoir une variabilité pour la résistance aux Imidazolinones ; l’implication d’un gène modificateur, non identifié à ce jour, a été supposée. Notons que l’USDA a annoncé en janvier 2006 la diffusion des lignées HA442, résistance à Imazamox et à forte teneur en acide oléique, et RHA 443, également résistante à cet herbicide et intégrant une résistance à Plasmopara halstedii provenant de Helianthus  argophyllus via RHA419.

 

A la différence du système Clearfield ®, la famille de brevets déposés par DU PONT [38] revendique une résistance aux Sulfonylurées pour des génotypes de tournesol obtenus par mutation au MSE et sélectionnés en présence de cette famille d’herbicides. L’objectif est clairement de disposer d’une méthode de lutte contre les espèces du parasite Orobanche . Cette famille de brevets s’appuie sur le dépôt de différentes lignées obtenues par cette méthode par PIONEER. Elle ne fait pas référence à une mutation particulière de la séquence du gène AHAS.  La mutation est décrite comme « particulièrement héritable », sans qu’il soit clairement tranché entre la dominance ou la semi - dominance (i.e. l’additivité, c'est-à-dire dans la pratique la nécessité de construire un génotype homozygote pour le caractère afin de disposer d’un niveau acceptable de tolérance), sauf peut-être vis-à-vis du metsulfuron-methyl.  Il semble que les mutants obtenus soient particulièrement résistants à certaines des Sulfonylurées (metsulfuron-methyl, tribenuron-methyl, ethametsulfuron-methyl) , mais que le niveau de résistance à l’Imazethapyr (IMI) soit supérieur à celui obtenu pour d’autres Sulfonylurées. A ce stade, nous serions tentés de penser qu’il s’agit d’une résistance croisée aux deux familles. Par ailleurs, comme la mutation Pro197Leu, déjà trouvée chez le Tournesol, confère ce type de comportement, il nous apparaît vraisemblable que la solution préconisée par ce brevet ne permette pas de disposer des Imidazolinones comme recours pour combattre des adventices qui auraient intégré le mécanisme de résistance proposé.

 

Notons également l’existence de la famille de brevets de SYNGENTA [43] . La première publication disponible date de 2003, et nous avons plus particulièrement consulté la publication américaine de 2005. Ce brevet argue que les mécanismes de la résistance aux Imidazolinones conférée par les mutants d’origine ANN_PUR (voir table 1) n’est pas connue, ce qui ne nous semble plus être le cas aujourd’hui. Il délivre l’information sur une mutation déclarée comme nouvelle dans la séquence du gène AHAS, qui confèrerait la résistance aux Imidazolinones. A ce jour, cette référence bibliographique nous pose problème, car nous n’avons pas réussi à la relier aux autres données scientifiques disponibles. Un travail spécifique serait nécessaire pour approfondir la question.

 

Enfin, a été publié en mars 2006 un brevet détenu par BASF et ADVANTA [45]. Il y est décrit une  mutation dans la grande sous-unité de l’enzyme AHAS, dont nous déduisons du texte qu’il s’agit de Pro197Leu (nomenclature Arabidopsis), par comparaison avec la référence décrite pour la mutation obtenue dans IMISUN-1. Il s’agirait donc de la même mutation que celle obtenue dans SURES-1. Cette mutation serait présente dans la lignée MUT28, génotype dont nous supposons qu’il a été obtenu par ADVANTA. L’utilisation de cette lignée comme « donneur » dans un programme de conversion y est revendiquée aussi bien que l’utilisation de ces résultats en transformation génétique. Il semble cependant que la tolérance aux Imidazolinones soit moins bonne que celle de IMISUN-1, et que la tolérance aux Sulfonylurées soit bonne que celle de SURES-1 (pages 67 à 69 du texte du brevet).

 

  

 

 

Table 1 : les mutations exploitées pour la résistance aux inhibiteurs de l’ALS chez le Colza et le Tournesol

 

I.2.b : Utilisation en transgénèse :

 

·         Comme gène marqueur au cours du processus de transformation :

 

Il a été démontré que la transformation génétique de Brassica juncea peut être réalisée  efficacement en utilisant un allèle d’AHAS conférant la résistance à une Sulfonylurée (chlorsulfuron) ou à une Imidazolinone (imazethapyr ) comme marqueur de transformation [17].

 

·         Comme gène marqueur et comme gène d’ « interêt » :

 

Le brevet WO0182685[16] de la société BASF revendique l’utilisation d’une séquence du gène AHAS à la fois comme marqueur de sélection et comme gène d’intérêt chez des monocotylédones (Maïs, Riz, blé).

 

·         Comme gène d’intérêt :

 

Différents brevets ont été déposés dans ce domaine :

 

o        WO2004062351 (07/2004, 24) : Ce brevet de VIRGINIA TECH INTELL PROP revendique la résistance croisée, vis-à-vis de tous les herbicides du groupe 2, d’une mutation intervenant dans un domaine conservé du gène AHAS.

o        WO2006007373 (01/2006, 25) : Déposé par BASF, ce brevet décrit notamment les séquences des gènes AHASL1A, AHASL1B, AHASL1D qui confèreraient chez le blé une résistance aux Imidazolinones, et impliquant une mutation à la position Ser653. Les revendications portent sur d’autres espèces telles que le Colza et le Tournesol.

o        En relation avec ce qui est exposé ci-dessus, les brevets US2005112571 (05/2005, 43) de SYNGENTA et WO2006024351 (03/2006, 45) de BASF-ADVANTA.

 

 

I.2.c : Adventices sauvages du COLZA et du TOURNESOL résistants aux inhibiteurs de l’ALS : Etat des lieux :

 

Ce sujet peut être abordé sous deux angles : On peut d’une part examiner le statut des adventices des deux espèces cultivées dans le système de culture actuel : cette approche présente une faiblesse majeure dans la mesure où on peut s’attendre à ce que les populations d’adventices évoluent rapidement sous la pression d’un système de culture nouveau. On peut d’autre part analyser les connaissances acquises sur toutes les espèces adventices vis à vis de leur résistance à cette famille d’herbicide pour appréhender le risque de leur développement dans nos conditions agronomiques.

 

·         Sur les 182 espèces recensées le 3 mars 2006 sur le site http://www.weedscience.org, 93 expriment une résistance aux inhibiteurs de l’ALS : cette famille d’herbicide est clairement et depuis longtemps celle pour laquelle le plus de mutants ont été observés.(figure 1).

 

 

 

Figure 1 : Evolution du nombre d’espèces résistantes à quatre familles d’herbicides. Source : TRANEL et WRIGHT 2002 [13]

 

Plusieurs de ces espèces ne sont cependant ni natives d’Europe, ni présentes en Europe comme adventices des espèces cultivées. A partir du site précédent, nous avons donc recensé leur statut dans la page Adventices_ALS, en précisant leur famille botanique, s’il s’agissait de mono- ou dicotylédones, et si elles étaient répertoriées sur le site www.dijon.inra.fr/hyppa. Sur les 40 espèces répertoriées sur le site HYPPA, seules 9 (5 dicotylédones, 4 monocotylédones) ont été détectées résistantes en Europe (au sens large) :

 

 

 

 .

 

Table 2 : Espèces adventices du Colza présentes en Europe et sur lesquelles une résistance aux inhibiteurs de l’ALS a été détectée en Europe : Sources : http://www.weedscience.org, www.dijon.inra.fr/hyppa                                                                                                                  

 

Pour un certain nombre de ces espèces, les mutations du gène ont été identifiées [3].(donner quelques détails à ce niveau) 

 

On notera que dans ce tableau, Helianthus annuus ne figure pas comme espèce sauvage recensée comme résistante en Europe. Cependant, bien qu’elle ne soit pas native sur ce territoire, la présence d’écotypes sauvages y aurait été enregistrée [RIESEBERG, cité par FAURE et al, 2002], en particulier en Espagne et en Italie : Il serait donc probablement nécessaire de considérer l’ensemble des espèces adaptées à nos conditions agronomiques et sur lesquelles une résistance a été répertoriée dans le monde, et pas seulement celles sur lesquelles une résistance a été déjà répertoriée en Europe.

 

 

·         La table 3 recense les cas de résistance aux inhibiteurs de l’ALS pour les adventices importantes du Colza en France. A ce jour, on ne trouve pas trace de résistance à cette famille d’herbicides au sein des différentes espèces de Geranium : ce point nous a été confirmé après échange d’e-mail avec P.TRANEL. Parmi les crucifères, la Ravenelle est la plus concernée [10]. Dans le tableau de synthèse élaboré par TRANEL et al [3], quatre des cinq mutations répertoriées dans cette espèce  sont situées au même emplacement dans la séquence protéique (position Pro197), et ont comme conséquence une résistance aux Sulfonylurées mais non aux Imidazolinones. Selon TAN et MEDD [10], la mutation Trp574Leu confère cependant une résistances à tous les herbicides du groupe B.

Des résistances ont également été trouvées chez la Sanve et le Rapistre, mais les mutations en jeu ne sont pas identifiées.

 

 

 

 

 
 

 

 

Table 3 : Résistances recensées chez les adventices principaux du Colza d’hiver en France:

 

 

·         Sur le Tournesol, nous avons plus particulièrement examiné le statut des espèces adventices dicotylédones présentes en France et posant déjà des problèmes en culture (Table 4) . Les Amarantes et Xanthium strumarium présentent d’ores et déjà des mutations connues sur le gène AHAS, qui leur confèrent une résistance aux Imidazolinones, aux Sulfonylurées ou aux deux sous-familles d’herbicide. Notons que sur d’autres espèces d’Amarante non répertoriées en France, des résistances et les mutations associées ont été également signalées. Concernant le Chardon des champs (Cirsium arvense), l’absence de résistance connue aux inhibiteurs de l’AHAS nous a été confirmé par P.TRANEL ; ce chercheur indique que le mode de reproduction de cette espèce vivace à rhizome pourrait expliquer ce fait : A notre connaissance, cette espèce diffuse également des semences. Il sera sans doute utile de préciser l’efficacité des herbicides sur ce type de plante.

 

 

 

Table 4 : Statut d’espèces adventices répertoriées en France et significatives en culture du Tournesol vis-à-vis des herbicides inhibiteurs de l’AHAS : Source CETIOM + TRANEL et WRIGHT(2002)

 

 

·         Comme nous le soulignions en début de ce paragraphe, la notion d’ « adventices importantes » est évidemment toute relative : les espèces prises en compte dans le tableau 2 se sont développées dans le cadre des programmes de désherbage pratiqués jusqu’à ce jour et en l’absence de variétés de colza développant une résistance spécifique à une famille d’herbicides. La question se pose de savoir ce que deviendront les équilibres de populations dans un nouveau système, pour les dicotylédones, mais également pour les graminées adventices ou cultivées : En effet, au-delà des tolérances aux Sulfonylurées par détoxification de l’herbicide qui existent chez le blé [23] comme chez d’autres graminées adventices, des résistances aux Imidazolinones ont été développées chez le blé (19,20, 25, Clearfield ® wheat). 

 

En conclusion, le génome des espèces cultivées et adventices est doté d’une très grande plasticité vis-à-vis des herbicides inhibiteurs de l’ALS, et le développement de cette famille d’herbicide sera accompagné de l’apparition d’un nombre croissant de cas d’adventices résistants. Si une veille devait être mise en place, les Brassicacées, les Amaranthacées, et les Astéracées devraient sans doute être les premières familles à surveiller. Il sera également nécessaire de préciser le comportement des Geranium et des chardons vis-à-vis des inhibiteurs de l’AHAS.

 

II.               Dynamique du développement des biotypes résistants aux herbicides :

 

II.1. Coût adaptatif de la résistance aux herbicides :

 

Dans ce paragraphe sont évoqués les conséquences directes – i.e. hors celles du flux de gènes allant de la plante cultivée vers les adventices - de la pression de sélection exercée par les herbicides sur les populations d’adventices.

La dynamique du développement d’écotypes d’adventices résistants aux herbicides dépend notamment du handicap vs. de l’avantage conféré à ces écotypes par le gène de résistance en absence vs. en présence de pression de sélection exercée par l’herbicide [13]. Il a été ainsi démontré que la tolérance au glyphosate apparue sur Ipomea purpurea était associée à un coût adaptatif significatif, en absence de l’herbicide, de nature à permettre une lImitation de son développement dès lors que les pratiques de désherbage étaient correctement raisonnées [notes complémentaires, fig 2].

Sur ce point, on dispose de résultats de différente nature concernant la résistance aux inhibiteurs de l’AHAS: Sauf dans un cas (BERGELSEN et al., cité par 13) ] , aucun désavantage sélectif significatif d’un allèle de résistance en absence de pression de sélection n’est mis clairement en évidence. Parmi les études récentes figurent celles réalisées sur Arabidopsis thaliana et sur le gène csr1-1 associé une mutation Ser au site Pro197 [22] .Deux approches méthodologiques différentes ont été utilisées pour mesurer le coût adaptatif associé à l’allèle de résistance : Lorsque ce coût est évalué à partir de la première génération d’autofécondation d’un hybride hétérozygote résistant/sensible, il ressort à 37% sur le caractère « nombre de descendants ». Cependant, lorsque le coût est évalué sur plusieurs générations, il ne diffère pas significativement de zéro. Les auteurs soulignent l’importance des effectifs à manipuler pour disposer d’une bonne puissance de détection ; cependant dans la même expérience, des coûts adaptatifs significatifs sont mis en évidence pour des allèles conférant des résistances à d’autre types d’herbicide.

On ne dispose pas de résultats obtenus par une démarche du même type sur les espèces concernées par cette étude (Colza, Tournesol, et leurs adventices). Toutefois, à ce jour, aucune différence significative n’a été relevée dans des comparaisons de variétés quasi-isogéniques sensible/résistante. Même s’ il existe plusieurs sites de mutation et que les données pourraient différer sensiblement selon l’allèle de résistance exploité, nous retenons à ce stade que la résistance aux inhibiteurs de l’AHAS provenant de mutations dans sa séquence n’est pas associée à un désavantage sélectif.

 

En conclusion, à ce jour, il ne peut raisonnablement  être attendu des mécanismes de résistance mis en jeu aucune diminution de la fréquence des allèles de résistance  en absence de pression de sélection de l’herbicide.

 

            II.2. Conséquences du flux de gènes du colza cultivé vers les populations d’adventice :

 

            Notre analyse prélIminaire repose essentiellement sur la revue de A.LEGERE [26, voir aussi 11].

           

           

            Nous retiendrons à cette étape les principales conclusions suivantes :

 

·         La fréquence des croisements au champ entre le colza et les espèces sauvages Raphanus raphanistrum, Sinapis arvensis et Erucastrum gallicum est suffisamment faible (10-8 à 3.10-5) pour que le flux pollinique entre la plante cultivée et ces adventices ne soit pas à considérer comme le facteur majeur de développement de populations adventices résistantes.

·         Les croisements entre le colza et Brassica rapa sont potentiellement plus fréquents, mais Brassica rapa n’est pas à moyen terme une espèce potentiellement adventice du colza dans nos contrées.

·         Les pertes importantes, à la récolte du colza, dues à l’égrenage, qui conduisent à constituer un  stock dans le sol parfois supérieur de vingt fois à l’ensemencement agricole, ainsi que les phénomènes de dormance secondaire,  contribueront certainement à mettre en place la source la plus importante de création d’une population adventice difficile à combattre. Cette population pourra de plus être enrichie en allèles de résistance par un flux pollinique en provenance des colzas cultivés. Dans un scénario où se développeraient en Europe différents systèmes de contrôle des adventices [couple variété résistante / herbicide], les résistances croisées se développeraient certainement au sein de cette population, comme cela a été le cas au Canada [glyphosate + glufosinate, glyphosate + imazethapyr, glyphosate + glufosinate + imazethapyr, 29] et en Australie. En retour, cette population adventice est susceptible d’introduire des allèles de résistance au cours du processus de production des semences commerciales, mais surtout d’enrichir leur fréquence de façon non désirée dans les champs ensemencés avec des graines de ferme.  

·         “ In summary, gene/transgene flow between canola varities […] and its volunteers, and its  relative B. rapa, is currently inevitable ” [26].

 

En conclusion, à la question de savoir si le développement de variétés de colza résistantes aux inhibiteurs de l’AHAS conduira à l’apparition de populations adventices posant des problèmes aux agriculteurs, la réponse est OUI. Il est également vraisemblable que quantitativement et à moyen terme, la difficulté majeure provienne des colzas adventices.

 

 

 

 

 

II.3. Un flux de gènes du tournesol cultivé vers des populations adventices d’ Helianthus annuus sauvage ?

 

Plusieurs espèces du genre Helianthus sont des adventices importants sur le continent nord-américain dont elles sont natives. Sur ce territoire, le flux de gènes entre le Tournesol cultivé et les Helianthus sauvages est très documenté [35, 37, 41]. Il pourrait également se développer des populations d’adventices à partir des descendances de Tournesol cultivé. Bien que cela n’ait pas été constaté jusqu’à ce jour [34], ces populations sont susceptibles de constituer un pont supplémentaire pour transférer les allèles portés par les variétés vers les écotypes sauvages [42]. On peut estimer que pour ce territoire et pour cette espèce, un flux de gène entre les types cultivés et les populations adventices de toute nature – d’origine sauvage ou cultivée – est encore plus certain que dans le cas du Colza. Dans le même temps, la pression de sélection exercée directement par les herbicides sur les populations sauvages a déjà fait émerger des résistances en leur sein, et suffit à elle - seule à poser la question de leur gestion.

 

La situation en Europe pose a priori moins de questions. FAURE et al (2002) discutent les possibilités de transfert d’allèle, en Europe, de variétés cultivées vers les espèces sauvages, en particulier les espèces pérennes qui y sont présentes (par exemple H.tuberosus, topinambour) mais cette étude n’apporte pas de données expérimentales démontrant que l’ Europe – au sens large – est confrontée à la même difficulté que le continent nord – américain.

 

En conclusion, le statut du genre Helianthus en Europe rend peu probable sur ce territoire l’émergence d’une population d’adventices résistants du même genre.

 

 

III.           Approches globales : Expériences de terrain et modélisations:

 

III.1. Les expériences canadiennes et autraliennes :

 

III.1.a : Canada :

 

Le Canada a vu sa surface cultivée en canola doubler entre 1990 et 2004, à près de 5 millions d’hectares. Durant cette période, les agriculteurs ont progressivement adopté la culture de canola résistants aux herbicides (Round Up ®, Liberty ®, Clearfield ®) et on considère que 90% des surfaces de « prairies » y ont recours. Le canola adventice est devenu une préoccupation importante, et le blé adventice est en présence croissante [28, 29]. 

Comme il existe des solutions pour combattre les canolas adventices dans les cultures de céréales, soit en pré-semis (par exemple Glyphosate) soit en culture (par exemple 2-4D), alors qu’il n’en existe pas en culture pour plusieurs dicotylédones cultivées, les collègues canadiens soulignent l’intérêt des rotations céréales/canola.

Ils considèrent également que des solutions existent pour combattre les céréales adventices dans le colza au travers d’herbicides du groupe A (inhibition de l’ACCase) en culture. Cependant, certains cas de résistance croisée de monocotylédones adventices des céréales aux inhibiteurs de l’AHAS et de l’ACCase ont été rapportés (Vulpia bromoides [15], Lolium rigidum [31])

 

S’agissant du Tournesol, on peut consulter le document officiel canadien autorisant la culture d’un hybride X81359, de BASF, résistant aux Imidazolinones [34] . L’Agence canadienne estime que la constitution d’un stock d’adventices cultivés est peu probable ; qu’en revanche le transfert de la résistance des variétés vers les écotypes sauvages est très probable, mais que cette résistance y est déjà présente. Elle considère que l’utilisation de solutions complémentaires mécanique ou chImique ainsi que le respect des recommandations de la firme BASF doivent permettre d’éviter les principales difficultés. Il s’agit cependant davantage de « bonnes pratiques » que de solutions spécifiques.

 

 

III.1.b: Australie :

 

Ce pays a été confronté rapidement aux problèmes de gestion des adventices et développe une activité importante dans les domaines scientifique et technique, couvrant aussi bien l’analyse des mécanismes de résistance que les préconisations de conduite de culture et  l’acceptabilité des nouvelles technologies : Par exemple, la  WHARI  (Western Australian Herbicide Resistance Initiative) a organisé son activité pluridisciplinaire autour du management des adventices en tant que tels, et non autour du management des adventices dans les cultures. Ainsi, un modèle décisionnel de pratiques agricoles (RIM = Resistance and Integrated Management, 32) a été élaboré sur le management de Lolium rigidum , puis également de Raphanus raphanistrum, deux adventices majeurs des céréales et du colza.

Les solutions préconisées ou en cours d’élaboration ne sont/seront certainement pas applicables en l’état. Mais ce type de démarche peut probablement servir de modèle à ce qu’il conviendrait d’élaborer en Europe pour aborder des problématiques aussi globales.

 

III.2. En Europe :

 

III.2.1. Colza de printemps / Finlande  [27]:

 

L’application de l’herbicide Imazamox sur des variétés de colza de printemps IMI résistantes montre une bonne efficacité sur des adventices importantes dans ce pays( Chenopodium album et Galium spurium – peu significatives en France sur colza d’hiver – et un gain de productivité significatif dans les situations où la pression de ces adventices est importante.

 

III.2.2. Tentatives d’approches globales en France :

 

Nous avons pris connaissance d’un projet intitulé « Méthodes et outils pour l’aide à la décision de la lutte contre les adventices des cultures » déposé en réponse à l’appel d’offre ADAR de 2005. Nous ne savons pas si ce projet a été retenu, mais il nous semble que ce type d’approche pluridisciplinaire et transversale, au sens où il ne s’agit pas seulement de répondre à une préoccupation sur une espèce cultivée, devrait être encouragée et amplifiée.

La sous-action 1.2 pourrait ainsi être enrichie par un inventaire, pour un certain nombre d’espèces adventices, du polymorphisme génétique existant – situation de « départs » - vis-à-vis des gènes AHAS impliqués dans le mécanisme de résistance à une famille d’herbicides en passe d’être de plus en plus largement utilisée. Plus généralement, la pérennisation d’un rassemblement de compétences diverses, à l’image de ce qui s’est fait en Australie, serait certainement profitable.

 

     

IV.             Synthèse [provisoire] : Questions – Réponses :

 

Nous partons dans ce chapitre, à la lueur des éléments recueillis dans le domaine des sciences « dures » comme dans celui des démarches agronomiques intégratives, de l’hypothèse que quelque soit l’orientation prise par rapport à la question posée, il sera primordial de communiquer de façon efficace vis-à-vis des acteurs concernés. Nous proposons donc une série de questions / réponses dont nous pensons qu’elle peut éclairer la prise de décision. Les questions ne couvrent pas tout le domaine, et certaines se recouvrent. Soulignons bien sûr que nous n’avons pas la prétention de dicter les réponses, mais de fournir de façon indirecte un élément d’appréciation sur le niveau de maturation du sujet.

 

IV.1. Si on cultive du colza ou du tournesol résistant aux Imidazolinones, verra t’on apparaître des adventices résistants à ces produits chImiques ?

 

Oui, il est pratiquement certain que cette technologie ne règlera pas à elle seule le problème de la présence nuisible d’adventices pour la culture. Il pourra s’agir d’adventices « sauvages », pour lesquelles on a déjà identifié une capacité d’adaptation. Mais il faudra aussi se préoccuper des espèces cultivées, car il est possible aujourd’hui de développer des résistances à cette famille d’herbicides chez le blé, par exemple, sans parler du colza qui peut devenir l’adventice le plus problématique, comme c’est déjà le cas au Canada.

 

IV.2. Quelle différence y a-t-il entre les colzas transgéniques résistantes au Round Up ® et les colzas résistantes aux Imidazolinones ?

 

Il y a des différences et des ressemblances :

·         Les plantes résistantes aux Imidazolinones ont été obtenues par des voies traditionnelles de sélection consistant à sélectionner des plantes résistantes –des mutants - au sein d’une large population soumise à un agent mutagène puis à l’application du produit chImique. On a ainsi exploité la capacité d’évolution d’un gène naturellement présent  dans le règne végétal. Les plantes résistantes au glyphosate ont fait l’objet d’un processus d’intégration dans leur génome, par transgénèse, d’une construction génétique entièrement originale pour l’espèce.

·         Dans les deux cas, on est cependant confronté au même problème, lié à la capacité d’évolution des populations naturelles : celui de l’apparition de plantes résistantes. De fait, ont été observés des spécimen, assez rares, résistants au Round Up ® , et en plus grand nombre des spécimen résistants à différents herbicides de la même classe que les Imidazolinones.

 

IV.3. Si je cultive du colza ou du tournesol résistant aux Imidazolinones, suffira t’il que je traite avec une seule molécule de ce type ?

 

Non, vraisemblablement pas, car certaines espèces adventices ont déjà la capacité à y résister. Dans la pratique,  il est déjà envisagé, par la firme BASF par exemple, d’associer trois molécules ayant des modes d’action différents.

 

IV.4. De quel type de données dispose t’on sur la nouvelle technologie de désherbage qui est proposée pour le colza et pour le tournesol ?

 

Les Sulfonylurées et les Imidazolinones sont des herbicides utilisés depuis longtemps. De ce fait, les connaissances se sont accumulées tant sur le plan des pratiques agricoles que sur celui des connaissances scientifiques. Il existe en fait deux types de mécanismes de résistance des plantes à cette famille d’herbicides : d’une part, ceux qui permettent à la plante de d’élIminer l’herbicide avant qu’il n’ait un effet négatif sur le développement de la plante (cas du soja), d’autre part ceux qui empêchent l’herbicide de se lier à un enzyme indispensable pour la synthèse d’acides aminés importants pour la vie de la plante en le privant ainsi de son efficacité. La technologie proposée aujourd’hui fait appel au deuxième type de mécanisme. L’enzyme « cible » concerné  est de mieux en mieux connu par les physiologistes, et on est par exemple capable de prévoir, en analysant sa séquence, si une espèce cultivée ou une espèce adventice peut se révéler résistante. Dans le même temps, on sait d’ores et déjà que des adventices sont résistantes. La question est donc de savoir si l’on est capable collectivement de valoriser les connaissances acquises pour définir un « mode d’emploi » efficace sur le court et long terme.

 

 

IV.5. On parle globalement de la famille herbicide des inhibiteurs de l’ALS : y a-t-il des différences entre les Imidazolinones et les Sulfonylurées ?

 

Si ces deux sous-familles agissent directement sur l’enzyme ALS, on sait maintenant en quoi  leurs modes d’action sont différents, et également en quoi ils se recouvrent partiellement. La nature de la mutation portée par les cultivars résistants, qui est en général entièrement décrite au niveau de la séquence nucléique et protéique de l’enzyme, peut conduire soit à une résistance aux Imidazolinones comme aux Sulfonylurées, soit à l’un seul de ces deux types de molécules. On observe bien sûr également des niveaux d’action différents sur les adventices. Dans le schéma Clearfield ® proposé par BASF, les mutations développées sur Colza et sur Tournesol confèrent une résistance particulière aux Imidazolinones. DuPont a focalisé son schéma sur la résistance aux Sulfonylurées. En terme de conséquences sur l’évolution de la flore adventice, il apparaît cependant vraisemblable que des pressions de sélection voisines seront mises en œuvre que l’une ou l’autre des familles soit développée.

 

 

IV.6. Vis-à-vis de cette problématique, qu’est ce qui distingue le Colza et le Tournesol ?

 

On peut identifier aujourd’hui deux différences principales : La diffusion du progrès génétique sur les critères de sélection habituels du Colza sera, toutes choses égales par ailleurs, plus lente qu’en Tournesol, car deux gènes doivent être présents chez les parents – dans le système Cleafield ® - pour assurer selon la firme BASF le niveau de résistance suffisant. Par ailleurs, on peut s’attendre à ce qu’en Europe, les difficultés de gestion des populations adventices apparaissent plus rapidement sur Colza, du fait des repousses de colza.

 

 

 

V.                Synthèse générale :

 

Le génome des espèces cultivées et adventices est doté d’une très grande plasticité vis-à-vis des herbicides inhibiteurs de l’AHAS, et le développement de cette famille d’herbicide sera accompagné de l’apparition d’un nombre croissant de cas d’adventices résistants.

Il ne semble pas que soient associés aux allèles de résistances des effets défavorables tels que leur fréquence diminuerait en absence de pression de sélection de l’herbicide. Les allèles sélectionnés par l’utilisation de l’herbicide se maintiendront donc dans les populations naturelles.

 

Le développement de variétés de colza ou de tournesol résistantes au inhibiteurs de l’AHAS conduira à l’apparition de populations adventices posant des problèmes aux agriculteurs. Il est également vraisemblable que quantitativement et à moyen terme, la difficulté majeure pour la zone de culture du colza provienne des colzas adventices. Pour le tournesol, le statut du genre Helianthus en Europe rend peu probable sur ce territoire l’émergence d’une population d’adventices résistants du même genre, mais il sera important de surveiller l’évolution de populations naturelles de la même famille [Astéracées] dont on sait déjà qu’elle présente un polymorphisme pour le gène concerné.

 

On pourrait donc être tenté de considérer le développement des variétés de colza ou de tournesol résistantes à cette famille d’herbicides avec beaucoup de prudence, d’autant que cette technologie se développe sur la majorité des espèces de grande culture. Dans le même temps, parce que les mécanismes en cause sont connus de plus en plus précisément, nous disposons aujourd’hui d’outils de veille [moléculaire par exemple], et d’expériences d’approches intégrées qui permettent d’imaginer comment le management des adventices pourrait être organisé dans ce nouveau paysage.

 

 
 


VI.             REFERENCES :

                                                                

 

 

 

 

 

 

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[45] HERBICIDE-RESISTANT SUNFLOWER PLANTS, PLYNUCLEOTIDES ENCODING HERBICIDE-RESISTANT ACETOHYDROXY ACID SYNTHASE LARGE SUBUNIT PROTEINS, AND METHODS OF USE. LEON A.J., MORATA M.M., ZAMBELLI A. Brevet WO2006024351 BASF-ADVANTA en ligne

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Notes et documents complémentaires:           Sommaire Diagramme Chap. I Chap. II Chap. III Synth 1

Synth 2 Réferences

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Figure 2 : Illustration de l’avantage sélectif de l’adventice Ipomea purpurea (« Morning Glory ») tolérant au glyphosate en absence ou en présence du présence de l’herbicide. Source : BAUCOM R.S. et MAURICIO R, 2004, [21]

 

 

 

 

 

Figure 3 : Distribution des espèces résistantes aux inhibiteurs de l’ALS dans le monde. http://www.weedscience.com